微生物，特别是细菌的问题在于，一旦它们沉积在表面上，生物便会分泌多糖层来进行保护。然后，该薄膜会从水中收集淤泥，从而变得更厚，并进一步减少热传递。即使表面的细菌可能是需氧的，分泌层也可以使下面的厌氧细菌蓬勃发展。反过来，这些微生物会产生直接腐蚀金属的酸和其他有害化合物。微生物沉积物还会建立浓集池，其中沉积物下方缺少氧气，导致该位置对裸露金属的其他区域变为阳极。通常会出现点蚀现象，这会在预期的材料使用寿命之前就造成管子故障。

真菌将以不可逆的方式攻击冷却塔填料，最终可能导致结构破坏。藻类会污染冷却塔的喷淋甲板，从而可能导致性能下降和不安全的工作位置。

大多数微生物处理程序的核心是提供氧化性杀菌剂，以杀死生物，然后才能将其沉降到冷凝器管壁，冷却塔填料和其他位置。多年以来，氯一直是人们的主力军，向其中添加气态氯会发生以下反应。

Cl2 + H 2 O-HOCl + HCl

次氯酸HOCl是杀伤剂。由于HOCl在水中的平衡性质，该化合物的功能和杀伤力受pH值的影响很大。

HOCl-H + + OCl-

OCl-是一种比HOCl弱得多的杀菌剂，这可能是由于OCl-离子上的电荷不允许其穿透细胞壁这一事实。当pH值超过7.5时，氯的杀灭效率急剧下降。因此，对于常见的碱性水垢/腐蚀处理程序，氯化学可能无效。

水中的氨或胺会进一步影响对氯的需求，这些胺或胺会不可逆地反应而生成低效的氯胺。出于安全方面的考虑，液态漂白剂（NaOCl）进料已在许多工厂取代了气态氯。

常见的替代方法是溴化学，将氯氧化剂和溴化物盐（通常为溴化钠（NaBr））混合在补充水流中，然后注入冷却水中。化学过程产生的次溴酸（HOBr）具有与HOCl相似的杀灭力，但在碱性pH值下能更有效地发挥作用。

由于以下几个原因，二氧化氯（ClO2）变得越来越流行。它的杀灭能力不受pH值的影响，该化学物质不会与氨反应，也不会形成卤代有机化合物。同样，二氧化氯在攻击已建立的生物沉积物方面更有效。

ClO2不稳定，必须在现场生成。过去，常见的方法是在送入冷却水中的支流中使亚氯酸钠（NaClO2）与氯反应。

2NaClO2 + Cl2-2ClO2 + 2NaCl

但是，该技术需要存储大量危险化学品，并且比漂白或溴处理的价格贵几倍。现在可以使用许多改进的技术，其中一种设计基于以下化学性质。

NaClO3 + 1/2 H 2 O2 + 1/2 H2SO4→ClO2 + 1/2 O2 + 1/2 Na2SO4 + H 2 O

氯酸钠（NaClO3）是核心化学品，而不是亚氯酸钠。

一种帮助控制微生物的方法是补充非氧化性杀菌剂。通常，需要临时但定期的饲料，也许每周一次。

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